Лично я считаю что ATmega16 это хороший микроконтроллер, я на него перешел после того как моего ATmega8 перестало хватать. А именно количество выводов и объем внутренней flash памяти.
Объем внутренней FLASH: 16кбайт
Объем EEPROM 0,5 kb
Количество портов ввода/вывода: 4 по 8бит

Цоколевка ATmega16 показана на рис. 1

Объем EEPROM 16kb достаточный для практически любой учебной программы и простых устройств. Если внутренней памяти ATmega16 не хватает можно применить внешнюю память серии 24C128 или подключить SD картц памяти.

Конфигурация фьюзов ATmega16:
По умолчанию фьюзы ATmega16 прошиты таким образом, что порт C не работает на ввод/вывод. Для того, что бы его задействовать нужно перепрошить фьюз биты.
ATmega16 уже заметно прибавляет в размерах по сравнению с ATmega8(если сранивать корпуса типа DIP). Соответсвтенно рекомендую применять микроокнтроллеры ATmega16 для серийных и оконечных устройств только в корпусах для поверхностного монтажа.

Хороший и простой программатор atmega16

скачать ATmega16 datasheet